Suomessa metsäpeurat elävät osakantoina, jotka ovat lähes kokonaan erillään toisistaan. Osakantoja hoidetaan kantakohtaisesti suojelun ja kestävän käytön periaatteita noudattaen. Pitkän ajan tavoitteena on saada osakannat yhdistymään ja metsäpeura leviämään uusille elinalueille.
Kainuun osakanta
1900-luvun alkupuolella metsäpeura kuoli Suomesta käytännössä sukupuuttoon, mutta saapui uudelleen 1940- ja 1950-luvuilla Neuvostoliitosta, jossa oli säilynyt elinvoimaisia laumoja. Kanta lähti hitaaseen kasvuun ollen suurimmillaan noin 1 700 yksilöä vuonna 2001. Sittemmin kannan koko on romahtanut. Kainuun osakannan laskusuunta on saatu pysäytettyä eri kannanhoidollisilla toimenpiteillä, ja se on nyt noin 720 yksilön suuruinen.
Suomenselän osakanta
Suomenselän osakanta on saanut alkunsa vuonna 1979 Kuhmosta Salamajärven kansallispuistoon tehdystä palautusistutuksesta, jonka myötä kanta lähti vakaaseen kasvuun kohti nykyistä tasoaan. Tällä hetkellä Suomenselän osakanta on yksilömäärältään osakannoista suurin, noin 1500 yksilöä. Suomenselän metsäpeurat elävät vedenjakaja-alueella, erityisesti Perhon, Halsuan, Lestijärven ja Toholammin seuduilla. Talvisin laumat kerääntyvät Lappajärven itä- ja pohjoispuolelle. Metsäpeurat ovat alkaneet levittäytyä pohjoisemmaksi lähestyen poronhoitoaluetta Pohjois-Pohjanmaalla. Myös muualla Suomenselän alueella kanta levittäytyy uusille alueille.
Ähtärin osakanta
Etelä-Pohjanmaalla Ähtärin, Karstulan ja Soinin rajaseuduilla elää pieni osakanta, joka on alkujaan Ähtärin eläintarhasta luontoon palautettuja yksilöitä. Kannan suuruus on pysytellyt jo vuosia parissa kymmenessä yksilössä, ja sen pelätään olevan sisäsiittoinen. MetsäpeuraLIFE -hankkeessa alueelle palautetaan lyhyen totutustarhauksen päätteeksi muutamia villejä metsäpeuroja, joiden toivotaan rikastuttavan osakannan perimää ja siten saada osakannan koko kasvamaan.
Uudet palautusistutusalueet
MetsäpeuraLIFE-hankkeessa vuosina 2016-2023 toteutetaan metsäpeuran palautusistutuksia Lauhanvuoren kansallispuistoon Etelä-Pohjanmaalle ja Seitsemisen kansallispuiston läheisyyteen Pirkanmaalle. Totutustarhoista on päästetty vapauteen parisen kymmentä metsäpeuraa kustakin tarhasta. Palautusistutusten tarkoituksena on saada metsäpeura levittäytymään uusille alueille ja saada kanta kasvamaan. Palautusistutetut metsäpeurat ovat sekä villeinä pyydystettyjä että peräisin suomalaisista eläintarhoista.